公司不按实际出勤计算工资的处理可能受以下特殊情况影响，需区别对待：
1. 特殊工时制度：若公司经劳动部门审批实行不定时工作制或综合计算工时制，工资计算方式可能不直接与每日出勤天数挂钩。例如，实行综合计算工时制的岗位，工资按周期内总出勤时间计算，而非每日出勤，此时需结合周期内总工时判断是否合法。
2. 公司规章制度未经合法程序：若公司关于工资计算的规章制度未经过职工代表大会或全体职工讨论，也未公示或告知劳动者，该制度无效。例如，公司私下制定“未出勤一天扣三天工资”的规定，但未公示，劳动者可主张该规定无效，要求公司按实际出勤计算工资。
3. 劳动者同意扣减但违反最低工资标准：若劳动者因个人原因同意公司扣减工资，但扣减后工资低于当地最低工资标准，该扣减行为仍违法。例如，劳动者月工资2000元，当地最低工资标准为1800元，公司因出勤不足扣减500元，剩余1500元低于最低工资标准，劳动者可要求公司补足至1800元。
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公司不按实际出勤计算工资可能引发以下法律风险，需引起重视：
1. 诉讼时效风险：根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。例如，劳动者2023年1月发现公司未按实际出勤计算工资，但直到2024年2月才申请仲裁，此时已超过时效，仲裁机构可能不予受理。
2. 证据链风险：若劳动者无法提供劳动合同、考勤记录或工资条等证据，将难以证明公司未按实际出勤计算工资。例如，劳动者仅口头主张公司少发工资，但无法提供书面证据，仲裁或诉讼时可能因证据不足败诉。
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公司不按实际出勤计算工资的行为是否违法需结合具体情况判断，以下为您分情况说明：
公司不按实际出勤计算工资可能违法，具体需结合劳动合同约定和法律规定分析。

1. 若劳动合同明确约定按实际出勤计算工资，公司未按约定执行：此时公司违反合同约定，属于违约行为，劳动者有权要求公司补足差额。
2. 若劳动合同未明确约定工资计算方式，但公司规章制度中规定按实际出勤计算，且制度经民主程序制定并公示：公司未按制度执行的，构成违法，劳动者可主张权益。
3. 若公司采用特殊工时制度（如不定时工作制）且经劳动部门审批：工资计算方式可能不直接与出勤天数挂钩，但仍需符合法律规定和合同约定。
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针对公司不按实际出勤计算工资的直接回复，我们可以依据以下法律条文进行详细分析：
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条规定，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。直接涉及劳动者切身利益的劳动报酬等规章制度，需经民主程序制定并公示。若公司未按实际出勤计算工资，且未通过合法程序制定相关制度或未公示，该行为违反上述法条。此外，《工资支付暂行规定》第十六条明确，工资扣减需有合法依据且不得低于最低工资标准。若公司因出勤问题扣减工资但无合法依据，或扣减后工资低于当地最低工资标准，均违反该规定。综上，公司不按实际出勤计算工资的行为，若不符合合同约定或法律规定，即构成违法。

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